如果要观察的是一些透明的结构的话，可能就需要染色了。

有些物质也需染色，例如DNA和RNA分别用甲基绿和吡罗红染色，脂肪用苏丹三或苏丹四染色，染色体易被碱性染料染色。线粒体可以被健那绿染色，是活性染剂。