特色专业主要都是围绕着农业这口来展开的，具体的是:植物保护、动物科学、食品质量与安全、生物技术、农业水利工程、农学、茶学、食品科学与工程、烟草、农业资源与环境等。

云南农业大学王牌专业：农业资源利用、农业水土工程、畜牧学、植物病理学、作物遗传育种、动物食品科学、农业经济管理、农业昆虫与害虫防治等。