万州区位于长江上游地区、重庆东北部，处三峡库区腹心，属长江上游区域中心城市。

万州区东临云阳县，南接石柱土家族自治县和湖北利川市，西频忠县和梁平县、北界开县和四川开江县。万州区幅员面积3457平方公里。奉节县东邻巫山县，南界湖北省恩施市，西连云阳县，北接巫溪县。幅员面积4087平方公里。