财务业务一体化的会计信息系统的功能结构可以分成三个基本部分，他们分别是：财务、购销存和管理分析，每部分由若干子系统所组成。

1、财务部分。财务部分主要由总账（账务处理）、工资管理、固定资产管理、应付管理、应收管理、成本核算、会计报表、资金管理等子系统组成。

2、购销存部分。购销存部分以库存核算和管理为核心，包括库存核算、库存管理、采购计划、采购管理和销售管理等子系统。

3、管理分析部分。管理分析部分一般包括：财务分析、利润分析、流动资金管理、销售预测、财务计划、领导查询和决策支持等子系统。