在新世纪之初，医学重新扎根于同济大学，在原上海铁道大学医学院的基础上，成立了"同济大学医学院"。

此后同济大学的医学专业成为重点建设的学科，走上复兴之路。同济大学医学院通过"分段要求、贯通培养、坚持标准、合理分流"的人才培养模式，致力于培养有社会责任感、能引领学科发展、具有国际竞争力的高层次拔尖创新医学人才 。医学院由医院管理处、基础医学院、生物医学工程与纳米科学研究院、护理系、康复治疗学系等院系组成。学院是有口腔医学专业的。