南京理工大学兵器工程专业的考研科目包括思想政治理论、英语二、数学二以及专业课程。

其中，专业课程根据不同的院系有所差异，例如机械工程学院以机械原理为专业课，能源与动力工程学院以工程热力学为专业课，瞬态物理国家重点实验室以普通物理(B)为专业课。这些科目将全面考察考生在兵器工程领域的理论知识和应用能力。