三明学院于2003年2月经教育部发展规划司同意开始筹建。

2004年5月18日，教育部批复福建省人民政府同意三明高等专科学校升格为三明学院。

2004年6月28日正式挂牌成立。三明学院的前身三明高等专科学校于1999年9月由三明师范高等专科学校、三明职业大学、三明师范学校合并组建，2000年10月15日正式挂牌成立，是福建省办学规模最大、学科门类最多的高等专科学校。