建行普惠启航费用应该入财务费用科目。

企事业单位在银行开立结算账户以后，开户银行向单位收取的相关费用，包括账户管理费、结算手续费、利息费用，以及该题所称的普惠启航费用等，都应在财务费用科目进行核算。企事业单位在具体账务处理时，应借记财务费用科目，贷记银行存款科目。