报关单海关编号为18位数字，其中第1－4位为接受申报海关的编号（《关区代码表》中相应海关代码），第5－8位为海关接受申报的公历年份，第9位为进出口标志（“1”为进口，“0”为出口），后9位为顺序编号。

通关系统分为：H2000通关系统与H883/EDI通关系统。在海关H883/EDI通关系统向H2000通关系统过渡期间，后9位的编号规则同H883/EDI通关系统的要求。