根据系统的不同，分为9位和18位H883/EDI通关系统报关单海关编号为9位数码，其中1－2位为接受申报海关的编号（《关区代码表》中相应海关代码的后2位），第3位为海关接受申报公历年份4位数字的最后1位，后6位为顺序编号。

进口报关单和出口报关单应分别编号，确保在同一公历年度内，能按进口和出口唯一地标识本关区的每一份报关单数码。H2000通关系统报关单海关编号为18位数字，其中第1－4位为接受申报海关的编号（《关区代码表》中相应海关代码），第5－8位为海关接受申报的公历年份，第9位为进出口标志（“1”为进口，“0”为出口），后9位为顺序编号。在海关H883/EDI通关系统向H2000通关系统过渡期间，后9位的编号规则同H883/EDI通关系统的要求。各直属海关的统计、理单部门可以对归档的报关单另行编制理单归档编号，理单归档编号不得在部门以外用于报关单标识。