云南农业大学校本部专业比较多，主要有：农学院的农学、土壤学专业，植保学院植保专业等，园林园艺学院园林园艺专业，畜牧兽医学院畜牧、动物兽医、草业科学等专业，经济管理学院的经济学、农林经济管理、农村与区域发展等，水利工程学院的水利工程、建筑工程等专业，蜂学院的蜂学专业，外语学院英语专业等等，还有体育学院等。