学院现有农业工程系、机械工程系、机电工程系、光电工程系4个系，拥有农业农村部长江中下游农业装备重点实验室、农业农村部水产养殖设施工程重点实验室、农业农村部油菜全程机械化科研基地、农业农村部柑橘全程机械化科研基地、

工学院包括机械设计制造及其自动化，机械电子工程，能源与动力工程，自动化，农业机械化及其自动化，农业电气化这些专业。

华中农业大学工学专业有，农学类: 农学 园艺 植物保护 茶学 森林资源和环境 草业科学 生态学，工学类: 机械设计制造及其自动化 机械电子工程 车辆工程 电气工程及其自动化 电子信息工程 计算机科学与技术 网络工程 软件工程