甲方拨付工程款给甲建筑公司，甲建筑公司进行合同的注册备案后开具建筑业发票。

甲公司和乙公司属于总包和分包关系，之间应有合同，在相关部门注册备案后乙公司同样可以开具建筑业发票。

1、纳税人将建筑工程分包给其他单位，以其取得全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额计算交税。

2、凭分包合同、结算资料、完税凭证、发票等资料与总包单位结算。