中山大学中山医学院历史悠久，学校的前身是创办于1866年的博济医学堂，创办于1908年的光华医学堂和创办于1909年的公医学堂。

历经发展，2001年，原中山大学和中山医科大学合并成立新的中山大学，中山大学中山医学院是隶属于中山大学的二级学院，是教育部，卫生部首批共建高校医学院之一。