助学中心和普通教育机构的区别在于:助学中心虽然也属于教育机构，但是却有特殊功能，是专为援助教育而设置的教育机构，是帮助需帮助的教育对象，而普通教育机构只是为了普通教育方面设置的，只是履行一般的促进教育的职责，没有特殊性。

助学中心是帮助学生完成学业的公益性组织，普通教育机构是领导管理教育的部门。