综合实力和声誉来说，作为985工程与211工程的东南大学比苏州大学好，东南大学是公认的在江苏仅次于南京大学的一流大学，其理工科全国都很著名，像建筑学、土木工程、信息科学等更是全国前几名。

在中国校友会版本的2016大学排行榜中，东南大学排在全国24名，苏州大学排在63名