1.分析原理不同：色谱仪是基于物质在不同相的分配系数不同而进行分离和分析的，常用的有气相色谱仪和液相色谱仪；而质谱仪则是通过对物质进行电离、分子碎裂和质量分析等过程，来确定物质的分子结构和组成。

2.分析对象不同：色谱仪主要用于分离和分析化学物质中的有机化合物、无机离子、生物大分子等，常用于食品、环境、医药等领域；而质谱仪则主要用于分析有机化合物、生物大分子、药物、天然产物等复杂样品，常用于生物医学、化学、环境等领域。

3. 检测灵敏度不同：质谱仪的检测灵敏度通常比色谱仪高，可以检测到更低浓度的化合物。