主要是两个校区的职能分工不同。

南航本部在御道街，位于南京市市区，南京航空航天大学行政管理部门、机电学院、航空学院等均在本部，上述学院研究生以及3-4年级学生也在本部。天目湖校区是南航新发展的一个校区，飞行技术专业、飞行器适航枝术专业、土木工程专业，交通运输专业、自动化专业、材料等的新生大学一、二年级学生在天目湖校区就读。

只是校区位置，专业内容不同，别的没有区别，如管理方式