无论遗迹种类多么复杂，都需要遵循一些基本的发掘清理原则。

首先应按照堆积层序和打破关系，自上而下，从晚到早依次发掘清理。其次，以平剖面结合的方式，根据探方内土质土色的变化确定堆积或遗迹的分布范围。再次，遗迹的清理应尽量保持其原始形态特征，且应采取解剖性或留隔梁的清理方法，及先清理遗迹的1/2或1/4，再清理剩余部分，如遇能够反应人类行为迹象的活动面，应作为重要遗迹现象加以完整揭露。然后重要的遗迹单位应及时实施必要的现场保护措施或实施整体提取保护。最后，无论能否合理解释，发掘过程中都应该注意对各类现象的观察与记录，以免信息遗漏。