不会！同时报考南方科技大学和强基计划不会冲突。

南方科技大学是一所独立设置的公立大学，可以通过高考或其他方式直接报考。而强基计划是一个国家级计划，旨在培养高层次的科技人才，通过选拔和评审的方式进行招生。报考南方科技大学和强基计划并不互相冲突。如果符合条件，可以同时申请。