2个学校都是省属学校，福建生物工程职业技术学院是省药品监督管理局直属的。

福建卫生职业技术学院是省卫生厅直属的。两者就看你所学的专业。福建生物工程职业技术学院医药研究或者医药营销专业会相对比较强势些。福建卫生职业技术学院的护理和检验医学这类的还行。就看你所选的专业。都是公办学校就是。多大差别就没了。还有另外一个是校区的地理位置区别而已，一个在闽侯一个在市区。