中国药科大学的前身为国立药学专科学校（四年制），始建于1936年，是中国历史上第一所由国家创办的高等药学学府。

建校初期，抗战爆发，学校初迁汉口，复迁重庆，精研学术，哺育英华。新中国成立后，高等药学教育得到党和政府的重视与关怀。

1952年，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入我校，成立华东药学院。

1955年开始招收研究生。

1956年更名为南京药学院。

1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。

1996年进入国家“211工程”重点建设的百所高校行列。

2000年2月整建制划转教育部直属管理。