根据相关的规定，南京科目一的补考费用是50元。

但需要注意由于地区不同，消费能力会有区别，因此补考的费用也会有一些浮动，具体的费用还是需要以实际为准。需要注意的就是这里的50元就代表一次补考费用，如果依然没有通过，后续还需要继续缴纳补考费用，并不是交完一次后就不用再去交的。