3个校区，南通师范高等专科学校有南通、如皋、海门三个，通州校区是南通师范高等专科学校最主要的校区，也是本科专业最多的校区。

如皋校区位于江苏省如皋市，是南通师范高等专科学校最新建成的分校区。这个校区离市区有些远，但是校园环境非常优美，空气清新，适合学习和放松。最后是海门校区，这个校区位于江苏省海门市，距离南通市中心也有些远。海门校区前身是海门师范学校，后来并入了南通师范高等专科学校大家庭。