要整改多付项目工程款，首先需要对多付的项目款项进行清算和核对，找出具体的多付金额和原因。

然后与相关方沟通协商，确认退回多付的款项，并制定明确的退款计划和时间表。同时建立严格的财务监管机制，加强对项目款项的管理和审核，避免类似情况再次发生。最后加强对工程款项的跟踪和监督，确保项目款项的合理支付和使用。通过以上一系列措施，实现多付项目工程款的整改和规范化管理。

如果后续进度中还有进度款需要支付，可以将前面多付的工程款抵扣回来，如果已经进入竣工验收，在办理工程结算时予以扣除。