商丘职业技术学院现设有软件学院、经贸系、机电工程系、计算机系、园林食品加工系、生物工程系、语言文学系、体育与艺术系、动物工程系、汽车与建筑工程系、五年制大专部等11个教学系（院、部）和1个成人教育学院，开设有软件技术、会计电算化、食品加工技术、畜牧兽医、园林技术、电子信息工程技术、机械制造与自动化、汽车检测与维修技术、旅游管理等40个专业。