一是崇川区，位于江苏省中部，长江入海口北岸，是南通市市委、市政府所在地。

二是港闸区，位于长江入海口北岸，南通市区中部，西部以九圩港河为界，与通州区平潮镇隔河相望，北部与通州区刘桥镇、东部与通州区兴仁镇接壤。三是通州区位于江苏省东南部，长江三角洲东北翼，东临黄海，西枕长江，东南临海门市，西临南通市港闸区、崇川区，西、北与如皋市、如东县接壤。