甲方分包工程措施费开票的流程如下：

1. 确认合同：甲方与乙方签订的分包合同中必须明确约定措施费的金额及支付方式。

2. 提供相关发票资料：乙方应提供措施费开票所需的相关资料，包括乙方的纳税人识别号、企业名称、开户银行及账号等。

3. 开具发票：甲方根据乙方提供的资料，按照税务部门的要求，将措施费的发票信息填写完整，并加盖公章。

4. 验收发票：乙方收到甲方开具的发票后，应认真核对发票的内容和金额是否准确无误。

5. 报销发票：乙方在税务规定的时间内，到当地税务部门办理发票报销手续，以便追回相应的税款。需要注意的是，开具发票的具体流程可能因地区和税务规定的差异而有所不同，建议根据当地的相关规定进行操作。同时，合作双方在开具发票之前应详细了解税务部门对于措施费开票的要求，以确保操作的合法性和准确性。