四川农业大学资源环境学院设有5 个系（土壤与植物营养学系、环境科学与工程系、微生物学系、气象与生态学系以及土地资源与信息技术系），1个研究中心（资源环境与生态研究中心）。

有生态学博士一级学科授权点；环境生态学、农业生态学和微生物学3个二级学科博士点。现有7个本科专业，其中1个本硕连读专业，包括农业资源与环境、土地资源管理、环境工程、自然地理与资源环境、人文地理与城乡规划、地理信息系统、生态学和环境科学。