深圳双胞胎在申请学位时需要按照普通学生的程序进行，首先选择适合自己的学校，然后填写相关申请表格。

如果双胞胎想就读同一所学校，可以申请同班，但需注明自己是双胞胎。如果双胞胎想分别就读不同学校，也可以分别进行申请，但需注明自己是双胞胎并说明自己的就读意愿。在评估考核过程中，学校会根据成绩、面试等表现作出决定，具体情况还需根据学校要求进行操作。