福建农林大学更好，综合实力更强，全国排名更靠前。

福建农林大学 类型：农业 隶属于：福建省教育厅国家重点学科：23个院士：1人博士点：51个硕士点：89个。 集美大学类型：综合，隶属于：福建省教育厅国家重点学科：2个院士：0人硕士点：19个。集美大学属于近年合并学校，建校时间比较短，师资力量相对弱，主要优势是地理位置好。