企业已经付款，但没有取得对方发票的账务处理，需要根据业务的性质来进行处理。

根据业务性质的账务处理，主要有：

1、按合同约定的付款比例，第一笔款项支付后，

借：预付账款 -------A公司

2、按合同约定支付固定资产的余款时，

借：预付账款--------A公司

贷：银行存款