山东大学医学院位于山东大学趵突泉校区，是中国最早的医学院校之一，前身为创建于1911年4月17日的齐鲁大学医学院，历史可追溯到1864年成立的登州文会馆和1891年成立的华美医院医校。

1952年9月由齐鲁大学医学院、山东省立医学院、华东白求恩医学院重组成山东医学院，1978年划归卫生部直属，1985年更名为山东医科大学。

2000年7月，山东大学、山东医科大学、山东工业大学合并成立新山东大学后，以山东医科大学基础医学院和临床医学部组建医学院，成为山东大学规模最大的学院。

2012年5月山东大学齐鲁医学部成立，医学院成为其分管学院。