请问一张增值税专用发票上的进项税只有一部分金额入了公司的经营成本中，那么这张发票的进项税是可以根据入账的金额和税率抵扣一部分呢，还是全额不能抵扣？

比如，我们公司规定员工出差住宿费标准为200元/日，如果员工出差1日，报销时拿回一张不含税金额为200元，含税金额为206元的增值税专用发票，报销时200元计入费用，可抵扣进项税6元，支付给员工206元。但如果员工拿回一张不含税金额为300元，含税金额为309元的增值税专用发票，按照公司规定我们最多只能入账200元的费用，那么我们能否依旧抵扣6元进项税然后支付给员工206元呢？还是说这张发票的进项税一律不能抵扣了？

可以 全额抵扣再做进项税转出