轴两端中心孔可以通过以下方法保证同心：

1. 使用高精度机床进行加工，确保轴两端中心孔的加工精度符合要求。

2. 在加工轴两端中心孔时，必须使用合适的夹具，确保轴与机床的中心线重合。

3. 使用中心钻进行加工，中心钻的尖端必须与轴中心线重合。

4. 在加工完成后，使用高精度测量工具对轴两端中心孔进行检测，确保其同心度符合要求。