预付备料款要减去暂列金额，因为这就是一个硬性规定，暂列金额是业主的备用金，只有发生变更索赔时才会启用的资金，不构成工程实体，原则上不构成工程实体的费用不用来作为计算预付款基数。

补充一点知识：这里的预付款只是材料备料款，目的是维持承包方的现金流，相当于借给承包方的钱，后期要扣除回收的，而措施预付款和安全文明施工费是属于工程款，后期不扣除，只结尾款。