第一，清华大学。

众所周知，清华大学的生物信息工程专业无人能及。第二，科学院大学。科学院大学汇集了最多的科学院院士和工程院院士，生物信息工程专业实力可想而知。第三，上海交通大学。上海交通大学在生物信息工程领域一直名列前茅，独占鳌头。