企业职业健康档案管理的内容主要有：企业职业健康档案的科学化管理，包括健康档案的分类，登记，排列，上架以及建立档案目录和检索工具等等工作，健康档案的科学化管理，有利于方便调阅，比如可以按姓氏笔划查找，也可以按职业病的类别去查找。