南京大学会计学系起源于1902年三江师范学堂时期的商科，是我国历史最悠久的会计学科，1952年，中国大学院系调整时，南京大学的会计学科调整到其他院校，1993年，南京大学恢复设立会计学系，初名国际会计系，2000年，更名为会计学系。

该系设有会计学和财务管理两个本科专业。