乡镇农经中心有备案。

乡镇农经中心是农村土地承包合同管理部门，土地承包后，村民委员会要将承包合同交到乡镇农经中心备案的。这是农村土地承包法规定的。正常情况下，村集体也应该有备案的，98年的时候承包地还有费用呢，按土地承包合同面积计算的。村集体和乡镇农经中心都有备案的。