NADH呼吸链中有3个氧化磷酸化偶联部位，FADH2呼吸链中有2个氧化磷酸化偶联部位。

NADH呼吸链：NADH →FMN →CoQ→ Cytb →Cytc1 →Cytc →Cytaa3 →O2，偶联部位有3个，分别是：NADH→CoQ、CoQ→Cytc、Cytaa3→O₂。 FADH2呼吸链：琥珀酸 → FAD（Fe-S） →CoQ→ Cytb →Cytc1 →Cytc →Cytaa3 →O2，氧化磷酸化的偶联部位可通过计算自由能变化和P/O比值来确定，因此偶联部位有2个。