是要收回的按照正常流程，医师在取得执业医师资格之后，在领取执业医师证的同时，负责发放执业医师证的主管部门，应该先收回你的助理执业医师证，然后再给你发执业医师证。

如果是你在还没有拿到执业医师证的时候，丢掉了助理执业医师证，那就需要在当地的报纸上刊登声明作废的公告，再领取执业医师证的时候向领取部门说明情况就可以了。

不收回，但是你档案记录就是职业医师了，升级版，原来的助理医师会勾掉。