蚌埠医学院的王牌专业包括临床医学、医学检验技术、护理学、生物科学、药学、麻醉学、医学影像学、精神医学、口腔医学、预防医学、食品卫生与营养学、制药工程、医学影像技术等。

其中，国家级特色专业有医学检验，省级特色专业有临床医学、药学、医学影像学、生物科学、预防医学等。此外，该校的病原生物学、外科学（骨外）、骨科、血管外科、整形外科、肺科等学科也是安徽省重点建设学科。

蚌埠医学院中临床医学专业和医学检验技术专业是国家级一流本科专业。目前蚌埠医学院中就业形势比较好的专业有口腔专业，麻醉专业，精神专业，临床医学专业、医学检验技术专业、护理专业、影像专业的等。