当赔偿款抵消货款时，应在财务记录中进行相应的处理。

首先，需要将赔偿款和货款的金额分别记录在应收账款和应付账款中。然后，将赔偿款的金额从应收账款中减去，并将其记录在收入账户中。最后，将货款的金额从应付账款中减去，以清算欠款。这样，就能够正确记录赔偿款抵消货款的交易，保证账目的准确性和完整性。