降低电子商务物流中配送的成本的方法有：

1、通过供应链管理，提高顾客的物流服务来削减成本。

2、通过效率化的配送来降低物流成本。提高装载率及合理安排配车计划，从而降低配送成本。

3、利用物流外包降低企业物流成本，降低投资成本。缩短商品在途时间，减少商品周转过程的费用和损失。

4、借助现代化的信息管理系统控制和降低物流成本。通过信息数据汇总，进行预测分析，控制物流成本发生的可能性。