东南大学有三个校区，分别是四牌楼、九龙湖和丁家桥。

四牌楼是历史最悠久的校区，原来是国立中央大学的校园；九龙湖是新校区，教学和生活条件最好，但位置偏远，位于南京城南绕城高速公路内侧；丁家桥校区是医学院和公共卫生学院的驻地。