学校下设淮南师范学院教育学院、淮南师范学院经济与管理学院、淮南师范学院电子工程学院、淮南师范学院文学与传播学院、淮南师范学院生物工程学院、淮南师范学院化学与材料工程学院、淮南师范学院机械与电气工程学院、淮南师范学院金融与数学学院、淮南师范学院计算机学院、淮南师范学院外国语学院（大学外语教学部）、淮南师范学院法学院、淮南师范学院马克思主义学院、淮南师范学院体育学院（公共体育教学部）、淮南师范学院美术与设计学院、淮南师范学院音乐学院（少儿舞蹈研究中心）等15个二级学院（部）。