北京大学的生态学系涵盖了以下七个分支学科：

1.植物生态学

3.微生物生态学

4.生态系统生态学

6.修复生态学

7.可持续生态学

此外，该系还设有三个培养方向：生物生态学、地生态学与应用生态学。

2011年，国务院学位委员会将生态学升级为一级学科，提升了生态学在我国自然科学发展中的地位。