自考专科申请毕业是有不通过的情况的。

这可能是由于档案材料不齐全、专科学历学信网不可查、对新旧计划的衔接和课程替代的理解上出现错误、毕业申请表上的姓名与身份证上的不一致、没有按照专业计划完成所有课程等原因造成的。因此，考生在申请自考专科毕业时需要仔细检查所提交的档案材料是否齐全，并确保学历信息的真实性，以避免申请失败。