北京市第六十五中学的前身是创建于1864年的私立育英中学校。

1955年高中部独立设校，成为北京市第一所纯高中校。

1961年为区级重点中学。

1962年为市级重点中学。为完全中学。是中国教育学会北京一所实验学校。

2019年3月，入选北京市首批义务教育学校管理标准达标学校。

2020年5月，入选北京市中小学科技教育示范学校名单。